腦膿腫的穿刺抽膿手術屬於微創手術，如果患者在進行手術之前，沒有因為腦膿腫引起腦疝，而處於意識相對正常的狀況，只是有比較嚴重的頭痛、嘔吐等顱內壓增高症狀。經過穿刺抽膿之後在1-2天可以有明顯緩解，甚至剛剛進行穿刺抽膿之後病情就能夠得到明顯的緩解。

一般穿刺抽膿的手術，大概1周就可以達到恢復的標準。由於腦囊腫的患者常需要系統化的抗炎治療，抗炎治療週期長達數週之久，所以腦膿腫穿刺抽吸之後，患者的症狀雖然在較短的時間內，能夠得到明顯的改善，但是仍然需要住院進行長期的抗炎治療，才能夠有效避免膿腫的復發。

另外一些患者，由於腦膿腫引起患者發生了腦疝，進行穿刺抽吸之後意識情況以及各方面情況恢復，需要1-3周甚至更長時間，才能夠逐步恢復意識、控制病情。