腎積水病人在夜間痛得厲害是由於腎積水最常由輸尿管梗阻引起，輸尿管梗阻最常見於輸尿管結石或輸尿管狹窄。單純輸尿管狹窄引起的腎積水通常會伴有腎區脹痛或痠痛症狀，即使在晚上也不會出現明顯的疼痛症狀，但合併輸尿管結石時，在夜間平臥後由於結石位置改動導致輸尿管上段痙攣，引起劇烈的腎絞痛，出現劇烈的腰痛症狀，且在夜間發作頻繁。

單純腎積水病人在平臥後會導致大量尿液迴流到腎臟中，導致腎臟局部壓力增高，嚴重時易導致尿外滲，當尿液外滲到腎周包膜時會刺激腎包膜，引起腎區劇烈疼痛、局部發熱症狀。在夜晚平臥後還由於大量回心血液增加導致腎小球濾過率增加、原尿生成增加、腎積水加重，夜間腎積水引起的腎區脹痛明顯加劇。