精索靜脈曲張手術可能有併發症，通常和採用的手術方式相關。傳統的精索靜脈高位結紮，或腹腔鏡下的精索靜脈結紮術，可能會出現復發，併發鞘膜積液。但目前採用顯微鏡下精索靜脈結紮術，可以保留動脈和淋巴管，徹底結紮所有靜脈，併發症的發生率較低，複發率遠遠低於傳統的高位結紮和腹腔鏡下結紮的複發率。因為保留淋巴管，所以鞘膜積液的發生率很低，大概為1%-2%。多數患者術後沒有太多併發症，因此建議採用顯微鏡下的精索靜脈結紮術，其效果更好。

如果有些男性由於睪丸疼痛來做手術，應注意精索靜脈曲張手術，對於症狀的改善不是非常好。因為睪丸或陰囊的症狀，除了和精索靜脈曲張有關，有時和慢性前列腺炎有關，所以應判斷症狀和曲張是否有關，再進行治療。