房間隔缺損可經過超聲和彩色多普勒確定診斷。超聲診斷要點如下，首先二維超聲直接徵象可以見到房間隔回聲缺失，間接徵象可以在超聲下見到右房、右室增大、肺動脈輕度增寬。

彩色多普勒可顯示血流束方向，並可測定左、右心房的分流束，根據流束間接測量房間隔缺損的位置與直徑。對於特殊類型的房間隔缺損，如原發孔型可見缺損位於房間隔下端。對於不典型的房間隔缺損患者或者合併有其他畸形的患者，有時應藉助心導管的檢查來確診。