房間隔缺損的大小可以決定血液的分流量，而血液分流量的多少也可以影響病情發展。如持續性的肺動脈血流量增加，可以導致肺淤血，進而造成血管的順應性下降以及右心的容量負荷增加，時間一久可發展為器質性的肺動脈高壓。

而房間隔缺損的臨床表現一般在兒童時期不明顯，但是隨著病人的年齡增長會出現特徵性的勞力性呼吸困難的表現，還可伴有房顫、房撲以及室性心律失常等症狀。另外，有些病人還可出現右心衰竭的表現，如下肢浮腫、肝脾大等。房缺最典型的體徵就是肺動脈瓣區可以聽到明顯的心臟雜音，即第二心音亢進，呈固定性分裂。