新生兒房間隔缺損3mm可以自愈，自愈時間通常在一歲半以內，房間隔缺損3-8mm在一歲半以內也有較小几率癒合的可能，但房間隔缺損＞8mm基本無法自愈。房間隔缺損在3mm以內的兒童只需要定期複查超聲，3mm以上就要在複查超聲的基礎上制定個體化治療方案，在改善心功能的情況下選擇合適的手術治療時機。

通常手術可以選擇介入治療和開胸手術治療兩種，對於年齡稍大的兒童，如果缺損位置合適可以進行介入治療，創傷較小，而且效果比較確切。對於不適合介入者，或反覆肺炎，反覆心衰者，需要進行手術治療，嬰幼兒或兒童可選用腋下小切口直視手術，創傷也較小。