心臟房間隔缺損手術費用在2-5萬元左右，如果需要外科手術開胸治療，可能是在2-3萬元，內科的介入治療可能是在4-5萬元。根據治療方式、所需要的材料不一樣，具體的費用上會有所區別。房間隔缺損主要是手術修補為主，預後一般很好，平均自然壽命能到50歲，有的存活70歲。

如果缺損大，容易發生肺動脈高壓和心衰，預後差。第一孔沒有關閉的缺損，預後也不好，在手術後的10-20年內，部分可能會出現心律失常，最常見的就是房顫。