正常情況下，子宮內膜位於子宮體內，當各種原因導致子宮內膜組織出現在子宮體以外的部位時，就稱為子宮內膜異位症。引起子宮內膜異位症的原因目前還不完全清楚，主要有以下三種學說：
　　1、異位種植學說：女性的經血當中含有子宮內膜組織，當發生經血逆流時，可將子宮內膜帶至身體其他部位，如卵巢、盆腔等；先天性陰道閉鎖、宮頸狹窄等可阻礙經血排出，從而易導致經血逆流；剖宮產、人工流產、輸卵管通液等多次宮腔手術操作易將子宮內膜帶至其他部位直接種植。另外，子宮內膜也可通過淋巴及靜脈系統向遠處播散，從而發生異位種植。
　　2、體腔上皮化生學說：卵巢表面上皮、盆腔腹膜在持續受到性激素、經血或慢性炎症刺激時，可被激活轉化為子宮內膜樣組織。
　　3、誘導學說：未分化的腹膜組織在某些內源性生物化學誘導下可形成子宮內膜樣組織。
　　另外，遺傳因素、免疫與炎症因素等也可能與子宮內膜異位症的發生有關。