除較大缺損外，房間隔缺損在兒童時期一般無相關症狀，隨年齡增長症狀逐漸顯現，勞力性呼吸困難屬於最主要表現，部分患者可因為右室容量負荷過重出現右心衰竭。房間隔缺損典型症狀如下所示：

1、兒童期：多數患兒在嬰幼兒時期沒有明顯體徵，隨後可出現心臟增大、前胸飽滿、搏動活躍，少數大缺損、分流量較大時，可以聞及心前區震顫，症狀出現早晚和輕重取決於缺損大小。缺損小可沒有症狀，只是在體格檢查中發現胸骨左緣第2、3肋間有收縮期雜音，雜音缺損較大時，分流量也大，可以導致肺充血，由於肺循環血流量增多，患兒可以反覆發生呼吸道感染，嚴重者早期可發生心力衰竭。另外，由於血液分流、體循環血流量不足，患兒表現為體型瘦長、面色蒼白、乏力、多汗，活動後氣促和生長發育遲緩；

2、成年期：患者乏力、運動能力差、虛弱、容易疲勞，有呼吸短促或呼吸困難，特別是在運動時心臟聽診有明顯雜音。