房間隔缺損在幼兒期對小孩心臟影響較小，故一般不主張早期手術。除非房間隔缺損非常大、分流量很大，對心臟造成很大影響，才進行早期手術。如果中等程度或者更小房間隔缺損，其自愈率比其他高，可以選擇臨床觀察。

一歲之前患兒的自愈可能性較大，所以可以觀察到一歲。如果一歲之前沒有自行癒合，以後如果影響不大則可以繼續觀察。但一般在一歲之後，其自愈幾率相對較小。所以根據小孩發育情況，可以在學前期或者更早，即三歲左右、幼兒園時進行手術治療。此種做法對小孩心理影響較小，但是臨床也觀察到甚至有更大年齡的患兒出現自愈情況。