臨床上僅發現房間隔缺損有家族聚集性，如患者兄弟姐妹均有房間隔缺損症狀出現，但不能說房間隔缺損會遺傳，而只能說具有遺傳傾向。遺傳傾向和遺傳是不同概念，遺傳指某種疾病為遺傳病，但房間隔缺損不是遺傳病。

臨床上未能解釋患者堂兄、堂弟、哥哥或姐姐為何會出現房間隔缺損，但這是一項臨床發現，因此不能把房間隔缺損當成遺傳病。此外，房間隔缺損具有一定遺傳傾向性，確診為房間隔缺損的父母親，下一代發生房間隔缺損幾率會較高。