房間隔缺損手術包括介入封堵術和右腋下小切口手術，個別情況下可經正中做手術。介入封堵術一般在局麻下進行，優點包括手術時間較短，術後恢復較快，且無手術切口，術後不見疤痕。缺點為拍胸片時心臟位置可出現異常陰影，過安檢需到醫院開具證明，因此部分患者會放棄介入封堵術。

右腋下小切口手術時間較長，採用全身麻醉，同時在手術過程中還需用到體外循環，即手術需使用人工心臟代替患者心臟，才能進行手術。缺點為手術花費時間較長，尤其為體外循環的時間。此外，由於手術使用全麻和體外循環，所以右腋下小切口恢復會比正常情況更慢，同時患者手術切口可在體表留下疤痕。