心臟房間隔缺損手術是目前比較成熟、相對安全的一種手術，後遺症的發生主要和手術過程、手術治療時機有關。手術通常分為封堵術和修補手術，介入封堵術的併發症主要是封堵器脫落，造成出血、栓塞；或封堵器磨蝕、壓迫周圍組織，造成心律失常，以及患者可能會對封堵器的金屬離子產生過敏。

房間隔缺損修補手術的併發症主要來自於體外循環，會出現神經系統損傷、心功能不全等。在手術操作過程中也可能會出現心律失常、殘餘分流等問題。

手術後遺症和患者手術治療時機也有關係，如果手術治療的時機偏晚，患者已經出現心臟增大、心功能不全等情況，或有嚴重的肺動脈高壓，在手術治療以後仍然可能會出現心律失常、心功能不全或者肺動脈高壓的情況。