嬰兒房間隔缺損自愈可能性和房間隔缺損大小、部位有直接關係。理論上，房間隔缺損的直徑越小，自愈可能性越大，一般5mm以內的房間隔缺損自愈可能性更大。

在臨床上必須定期給嬰兒複查彩超，通過心臟彩超觀察房間隔缺損的變化。如果房間隔缺損直徑逐漸縮小，則提示有自愈傾向。但如果在複查的過程中發現房間隔缺損直徑呈變大的趨勢，則自愈的可能性比較小。一般情況下，在患兒一歲之內有可能自愈。