幼兒川崎病在早期是比較好治療的，而且越早期診斷，及時治療，預後越好。一般幼兒川崎病早期需要應用免疫球蛋白衝擊治療，對於合併心臟損傷的患兒，還需要口服阿司匹林治療。必要的時候根據患兒的病情還可以選擇應用糖皮質激素以及免疫抑制劑治療。

但是如果患兒早期沒有得到及時診斷，那麼治療起來就比較費力，而且可能會遺留後遺症，需要長期服用藥物治療。