幼兒川崎病最常見的後遺症就是影響到了冠狀動脈，表現為冠狀動脈閉塞、狹窄或者冠狀動脈血栓形成，甚至冠狀動脈動脈瘤破裂，可以導致心肌功能障礙，甚至會出現危及生命的情況，這種幾率大約佔25%。

在早期診斷川崎病以後，及時的應用阿司匹林或者免疫球蛋白治療，可以減少後遺症的出現，提高患兒的預後。對於有川崎病的患兒，在青少年期應該定期評估心臟功能。