新鮮肛裂不一定應用手術治療，通過塗抹藥膏、水中坐浴，緩解大便乾的症狀進行保守治療。如果肛裂較嚴重、出血量較多、疼痛較明顯，需要採取手術。而陳舊性肛裂不能癒合出現合併症，如哨兵痔、肛乳頭肥大、肛瘻，此時也需要採取手術。手術目的是將裂損創面完全切除，鬆解部分括約肌或切斷部分內括約肌，使肛門恢復到原先鬆緊程度。

通常肛裂反覆時間久以後會出現病理性肛門狹窄，即括約肌痙攣引起狹窄，需要手術切斷部分括約肌。切斷括約肌方法較多，包括內括下緣切斷、從括約肌間溝找出內括約肌切斷部分，再把創口縫合，以及括約肌切斷以後縱切橫縫。手術目的主要是將縮小的肛門變大，通過治療局部裂損創面形成瘢痕後不會再出現肛裂情況，但需要掌握鬆解程度，避免切斷括約肌癒合以後出現失禁。