臨床在治療肛裂時，首先需明確肛裂的程度及發生時間。如果為早期肛裂，發生時間較短，一般通過調理飲食及大便干預，即可達到改善目的。此類患者多數為大便乾燥引起的肛裂，一般通過軟化大便，包括進行飲食調理，多喝水、多吃蔬菜，養成定時排便的習慣，以及便後使用溫水進行清洗後，多數患者可達到改善病變的目的。但是肛裂容易反覆出現，所以上述操作需堅持0.5-1個月，才能使裂口痊癒。部分患者在症狀剛緩解後即停止使用藥物，會再次造成大便出現乾燥的情況，再次形成肛裂，長此以往可形成慢性肛裂。

對於慢性肛裂的患者，可以出現疼痛與出血症狀交替進行，且疼痛逐漸加重，甚至出現肛門狹窄、哨兵痔、肛頭瘤、肛瘻或皮下瘻。如果患者體質允許或症狀特別嚴重，建議進行手術治療。因為此時藥物對肛裂僅為緩解作用，如通過坐浴、燻洗可緩解括約肌痙攣，暫時放鬆肌肉，但是下次排便時可能又出現嚴重的疼痛，並且因肛門已出現相對狹窄，即使軟便也可造成較嚴重疼痛。此時可通過手術擴肛，或者通過肛門括約肌側切手術緩解肛門痙攣，促使肛門恢復正常排便，達到徹底治癒的目的，術後一般不會出現肛門失禁的情況。另外，在治療期間需同時治療便秘，避免便秘而導致傷口癒合減慢。

總而言之，對於肛裂需要進行綜合治療，包括手術、藥物以及生活習慣改變等。但部分患者的肛裂較為特殊，包括潰瘍性結腸炎、克羅恩病，或者結核等引起的肛裂，此時需要明確原發病，待原發病治癒後，肛裂則可自行改善。