之所以讓病人處於麻醉狀態，是由於手術需要。而當手術完成後，不需處於麻醉狀態時，病人則應清醒。此時麻醉師應及時停止對病人繼續應用麻醉藥物，甚至還會根據需要，運用催醒藥物，目的是讓病人能恢復自主呼吸狀態。通常情況下做肺移植手術，病人在手術結束後即可及時清醒。

肺移植手術通常採用的是全身麻醉，並不需要病人自主呼吸，由麻醉呼吸機代替病人呼吸，肺移植手術結束後，病人便可以清醒。部分報道稱因特殊原因，病人肺移植手術後出現一定時間內的昏迷，或仍處於麻醉狀況，屬於個例。