先天性腸閉鎖唯一有效的治療方法為手術治療。如果沒有手術，患兒的腸道不相通，沒有東西通過，而且小孩會反覆嘔吐，會引起營養不良。所以這種手術是唯一的治療方法，這種先天性腸閉鎖患兒，現在手術的成功率能達到80%-90%，但是也要看小孩具體的情況。

如果是早產兒、低體重兒，還伴發有先天性畸形、多發畸形，有時治癒率相對較低。如果想挽救先天性腸閉鎖，手術是唯一的治療方法。