若巨趾症患兒採取縮容術等手段進行治療，治療過程中血供的判斷較為重要。患兒術後可能出現血供障礙、皮膚壞死等症狀，症狀較輕者可重新換藥，症狀較重者需二期手術再次植皮，甚至部分患兒巨趾可能因血供障礙導致壞死，需進行截肢。

患兒經一期手術治療，若預後較佳，後期需對巨趾生長速度定期複查。待男性患兒與女性患兒的趾骨分別生長至與其父親、母親趾骨等同長度時，可採取骨骺阻滯進行治療。