單純的小腸重複畸形治癒率接近百分之百。需要特別注意的是手術的時機，對於急性壓迫或者腸扭轉導致的腸梗阻，需立即手術；對於輕微壓迫導致的腹部不適、疼痛、消化不良，可以進行限期手術，即選擇合適的時機進行手術；對於腸重複畸形導致的消化道出血，出血量較大建議及早手術，出血量較小建議先改善患兒身體狀況再進行手術。