子宮內膜薄主要問題是月經量少、懷孕困難。因為內膜主要位於整個子宮腔位置，正常子宮內膜通常分為三層，包括緻密層、海綿層還有基底層。緻密層和海綿層通常稱為功能層，受性激素影響發生週期性變化而脫落。內膜基底層不受性激素影響，不發生週期性變化。如果子宮內膜變薄，最直接的表現是原來月經6-7天干淨，現在可能2-3天完全消失。

部分患者在頻繁人流術後子宮內膜變薄，月經逐漸變少，之後懷孕容易造成胚胎停育或引起不孕，與子宮內膜變薄有關。甚至部分人子宮內膜薄還會導致反覆子宮內膜粘連，粘連嚴重者會導致閉經，甚至部分患者做試管嬰兒時胚胎移植以後頻繁不著床。因此子宮內膜薄患者需要高度重視，及時就診治療。