子宮內膜薄主要損傷部位是功能層，引起子宮內膜過薄的原因有全身性因素和局部性因素，具體如下：

1、全身性因素：主要是內分泌失調，如全身疾病影響，還有卵巢或下丘腦-垂體-卵巢軸功能失調，造成雌激素水平過低，不能對子宮內膜有刺激和營養，使內膜過薄；

2、局部性因素：子宮內膜損傷，如人工流產是很常見的子宮內膜損傷原因，還有宮腔鏡操作也會引起子宮內膜過薄，宮腔粘連也會損傷內膜；由於子宮發育畸形也是屬於局部原因，在子宮發育過程中間沒有受到激素很好刺激，子宮先天發育就不足，造成子宮發育是幼稚型子宮，B超還有造影下看見子宮是狹長的長條狀，內膜也非常薄。

臨床比較多見的全身和局部因素，全身主要是內分泌失調，局部是有損傷及先天發育畸形。

子宮內膜位於子宮最內層組織，子宮從外到內有漿膜層、子宮肌層還有內膜層。從組織學上來講，分為生殖期子宮內膜還有分泌期子宮內膜、月經期子宮內膜。從形態學上來講，分為基底層和功能層，功能層隨著卵巢週期變化發生變化，也就是隨著卵巢發生增殖期、分泌期然後月經期脫落，基底層不隨著週期變化但可以補充功能層。