十二指腸潰瘍患者疼痛的部位主要位於上腹部，劍突下區域，可能偏左或偏右。十二指腸潰瘍痛區域不絕對，呈點狀改變，主要位於劍突下。除了上腹部痛，部分患者還表現為背痛，尤其是十二指腸後壁潰瘍，可以出現慢性穿孔，穿孔以後腹膜迅速包繞，不會表現為急性腹膜炎症狀，通常表現為比較明顯的背痛症狀，嚴重者可能會出現消化道出血。

目前十二指腸潰瘍患者疼痛的季節性、節律性比較少見，患者有一定常識，如果出現腸胃不適，會到藥店購買抑酸藥或者黏膜保護藥。以前十二指腸潰瘍患者疼痛多發於春季、冬季，多見於餐前痛，如今這種規律比較少見。