十二指腸潰瘍的好發部位，可能90%及以上是十二指腸球部。消化道解剖為食管下方是胃，胃下方是幽門，幽門緊鄰十二指腸球部。十二指腸球部與降部間的拐角稱為球降交界，之後便是降部，降部旁是十二指腸水平段，由於球部的解剖位置，十二指腸潰瘍疼痛可能表現在劍突下，或劍突下偏右部位。

若內鏡發現十二指腸潰瘍位於球降交界處、降部或水平段，需警惕有無特殊原因引起，如可能存在胰腺的神經內分泌腫瘤，引起十二指腸潰瘍。而80%十二指腸潰瘍均在幽門螺桿菌感染基礎之上發生，且多位於球部。