十二指腸潰瘍症狀可以自愈，但需進行規範治療，否則可能出現症狀緩解，但可能反覆發作，嚴重時可導致出血、穿孔等併發症。

十二指腸潰瘍發生通常與幽門螺桿菌感染有關，如果並非使用藥物進行規範幽門螺桿菌根除治療時，十二指腸潰瘍可能出現治癒不佳。即出現潰瘍瘢痕癒合，可能造成十二指腸球腔變形，出現潰瘍反覆發作以及胃出口梗阻情況，還可能會出現短期內症狀緩解，但卻反覆發作現象。