十二指腸癌最有效、根本的治療為手術，確診後應儘快手術，根據十二指腸癌的分期不同選擇不同手術方式，具體如下：
1、新興的內鏡下微創手術：如十二指腸腺瘤病變僅侷限於腺瘤頂端，或直徑小於2cm，浸潤深度只在黏膜層較淺範圍內，經過充分術前評估，可考慮消化內鏡下的微創手術治療，手術未改變消化道結構，術後五年生存率可達95%以上；
2、傳統的外科手術：手術範圍較大，部分患者需切除部分十二指腸，部分胰腺的胰頭部、膽總管、膽囊，遠端的胃，將腸道與膽道、胰腺、胃連接起來，為普外科較大手術；
3、患者有梗阻症狀不適合手術，可在消化內鏡下放入支架，或膽道梗阻引起黃疸，可通過膽總管支架解決梗阻症狀，包括化療和生物治療，具體需諮詢相關專科醫生。