胰十二指腸以後切除的後遺症主要是胰瘻、膽瘻、吻合口瘻、出血、腹腔感染，常見的可能是胰瘻。因為胰十二指腸手術是普外較大的手術，涉及到的器官比較多，包括胰頭切除、十二指腸切除，膽總管下段、胃竇部分切除，切除以後需要膽道重建的地方比較多。需要與空腸吻合、膽總管需要和空腸吻合、殘胃需要和空腸吻合。所以手術以後出現瘻的可能幾率較大。

常見胰瘻、膽總管和空腸吻合的膽瘻、胃和空腸吻合口瘻，如果吻合不嚴密，有時候可能血運比較差，會出血。吻合口漏到腹腔裡，膽汁、胰液可能和細菌引起感染。因為手術以後都會有相應處理的辦法，如放引流管，所以大多數通過引流管沖洗可以解決。