多數十二指腸潰瘍伴隨幽門螺旋桿菌感染，和胃潰瘍治療一樣，十二指腸潰瘍的治療，也根據是否合併幽門螺旋桿菌感染判斷。合併有幽門螺旋桿菌感染的十二指腸潰瘍，給予規範抗幽門螺旋桿菌的標準四聯方案，經過一療程即2周，使用質子泵抑制劑、胃黏膜保護劑和兩種抗菌素。多數十二指腸潰瘍能夠達到根治目的。不伴有幽門螺旋桿菌感染的十二指腸潰瘍，主要以質子泵抑制劑和胃黏膜保護劑為主，治療主要藥物包括奧美拉唑、雷貝拉唑等質子泵抑制劑，聯合應用胃黏膜保護劑及鉍劑，治療2-4周，多數十二指腸潰瘍都能達到根治目的。