小兒晨起陣發性咳嗽，要考慮是支氣管炎、鼻炎、鼻竇炎、慢性咽炎、肺炎、咳嗽變異性哮喘或哮喘早期表現等導致的。需要就醫進一步檢查診斷以及鑑別診斷。

如果是過敏性因素，比如過敏性鼻炎引起的晨咳就要使用藥物噴鼻以及抗過敏治療；過敏性哮喘或者咳嗽變異性哮喘要在緩解期吸入藥物，減輕氣道高反應性，可以緩解氣道咳嗽症狀，同時進行抗過敏治療。對於慢性鼻炎或鼻竇炎引起的晨咳，需要耳鼻喉科醫生進行相應治療，比如鼻腔吸引、灌洗以及鼻部特殊局部治療。