生殖器皰疹的治療，一般採用全身性的抗病毒治療，結合局部的創面處理，這樣好得會比較快。全身性的抗病毒治療，主要是指口服的抗病毒藥，比如阿昔洛韋、伐昔洛韋或者泛昔洛韋。療程和劑量一般遵醫囑執行即可，如果疼痛明顯，可以口服阿司匹林、布洛芬等，可以幫助緩解皰疹疼痛。局部治療包括局部的清洗，比如用生理鹽水、洗必泰溶液，或者硼酸溶液進行傷口創面的處理。如果合併抗生素和抗真菌藥物，可以治療繼發的細菌或者真菌性感染。外用抗病毒藥劑，比如阿昔洛韋乳膏或者噴昔洛韋乳膏，也可以促進皰疹創面的癒合。

初發的生殖器皰疹患者經過治療以後，全身症狀消失，皮損消退即為臨床治癒。大多數人三週左右時間就足夠了，但是本病容易復發，尤其是初發感染以後的一年以內復發會較為頻繁，生殖器皰疹單純皰疹2型感染比單純皰疹1型感染更容易復發。平時要注意飲酒、辛辣刺激食物、疲勞、感冒、焦慮、緊張，這些因素是誘發復發的很重要因素，所以平時注意這些方面的預防，有助於減少復發的次數。