生殖器皰疹對於男性和女性在症狀表現上並沒有特殊的不同。只不過發生的部位，會由於患者生理發育上的差異有一定的差異。男性多發生在龜頭、包皮、冠狀溝上，而女性多在陰唇、陰蒂以及陰阜部位出現。而生殖器皰疹的典型特徵表現就是在這些部位會出現簇集狀存在的水皰，患者往往會伴有局部的疼痛感。

水皰一般在出現以後一週之內，可以自行破潰，破潰後患者會在局部發現有潰瘍，這些潰瘍可以慢慢地自行痊癒。在生殖器皰疹的病程過程當中，患者還伴有全身症狀，像發燒、頭疼、乏力、不欲吃飯，而且還會伴有局部淋巴結腫大。