寶寶咳嗽的治療包括對因治療和對症治療，對症治療是指止咳化痰治療，乾咳可以用鎮咳藥、抗過敏藥，對於過敏性咳嗽、咳嗽變異性哮喘等可以用酮替芬、孟魯司特、糖皮質激素等進行治療。一般不建議患兒用中樞性的鎮咳藥，有痰的患兒可以用化痰藥促進痰液排出，化痰的西藥包括乙酰半胱氨酸、沐舒坦，也可以用溫肺化痰、清肺化痰的中藥製劑等。

對因治療需明確病因，咳嗽的病因非常複雜，包括細菌感染、病毒感染、支原體感染、百日咳桿菌感染等，也需要針對病原學進行治療，如果是過敏性咳嗽，需進行抗過敏治療。咳嗽是兒科門診最常見的一個就診症狀，依據病程可以分為急性咳嗽、遷延性咳嗽和慢性咳嗽，依據是否有痰可分成乾性咳嗽和溼性咳嗽，溼性咳嗽即有痰的咳嗽，痰液又分白痰和黃痰、泡沫痰等，依據誘因分感染性咳嗽和非感染性咳嗽。