甲溝炎患者如果局部伴有厭氧菌滋生，可以通過雙氧水消毒來殺滅局部厭氧菌。

臨床上大部分患者甲溝炎是由於局部指甲嵌頓入肉內，而造成急性或慢性炎症。對於伴有金黃色葡萄球菌感染的甲溝炎，這種情況採用雙氧水消毒並不能夠殺滅細菌。因此伴有局部炎症時，可以通過0.5%的碘伏紗布持續外敷，同時可以口服阿莫西林等消炎藥，加強抗感染治療，症狀比較輕微的甲溝炎可以取得較好的治療效果。

如果患者的甲溝炎伴有局部膿腫形成，此時單純通過藥物治療，效果往往欠佳，可以考慮行手術切開膿腫、指甲拔除等方法來治癒甲溝炎。