慢性直腸炎較難根治，一般主要針對其症狀進行治療，且儘可能減少穿孔、出血、癌變等併發症。直腸炎和結腸炎常與免疫系統疾病相關，一般單純的局部感染不會造成上述改變，這時需控制刺激性食物的攝入，尤其是辣椒、酒精，以及過冷、過熱的食物，可能刺激腸道，引起直腸炎發作。

出現直腸炎時，需遵從醫囑規律服藥，如出現腹痛、便血等症狀，需積極前往醫院檢查。部分患者因腸炎產生穿孔或出血，必要時需進行手術切除，這時醫生會格外小心，因為在切除腸管後，吻合口易形成吻合口瘻，術後併發症較多。因此腸炎患者進行手術切除時，需嚴格把握手術適應症，以減少意外出現。