糜爛性直腸炎的治療需要根據病因，進行對因治療，才能取得較好結果，具體如下：

1、急性感染性腹瀉導致的直腸黏膜受損，此時需要有效的抗感染治療，當腹瀉停止後糜爛性直腸炎即可自行緩解；

2、患者反覆出現腹痛、腹瀉，大便帶有黏液膿血，病理檢查提示是慢性結腸炎的基礎上，出現隱窩膿腫、隱窩炎等表現，考慮是潰瘍性結腸炎。治療方面可以口服美沙拉嗪，配合美沙拉嗪栓劑的治療。如果疾病較重，並且伴有深大潰瘍，還需要排除有無合併感染的可能，比如合併鉅細胞病毒感染，以及難辨梭菌感染，均有可能導致治療的效果不佳。如果重症直腸炎，對於潰瘍性直腸炎而言，必要時甚至需要應用激素或者生物製劑進行治療。