直腸炎並非簡單的直腸細菌感染造成的發炎，腸炎性病變與遺傳、免疫因素、細菌、病毒感染、放射因素、功能性炎症等相關，不同的直腸炎症治療方法有較大差別，具體如下： 

1、細菌或病毒感染所致：大部分均需應用抗生素，菌痢屬於細菌性腸炎，此時需應用的適當抗生素，還需補充大量電解質，對於緩解腹瀉症狀以及提升水電平衡較有必要； 

2、免疫或遺傳性疾病：比如克隆氏病、潰瘍性結腸炎等，應用激素或提升免疫力療法，才可治療或緩解因直腸炎引起的相關症狀；

 3、預激綜合徵：以應對症處理為主，如果出現穿孔、出血等併發症，才可進行手術切除，但在術後仍要積極去除導致腸炎的基本病因，才可減少術後復發。