直腸潰瘍主要分為兩類病因，一類是腫瘤性潰瘍，即直腸癌。另一類是炎症性疾病，常見炎症性腸病，例如潰瘍性結腸炎、克羅恩病等可以引起直腸潰瘍。直腸發現潰瘍建議進行內鏡下取活檢進行病理學檢測，腫瘤性疾病在顯微鏡下可以找到腫瘤細胞，此時建議患者積極進行手術、化療或放療方式針對腫瘤進行治療。

如果在顯微鏡下沒有找到腫瘤細胞，考慮炎症引起直腸潰瘍。潰瘍性結腸炎、克羅恩病等建議可以應用美沙拉秦進行治療，美沙拉秦包括栓劑或灌腸液，它可以在局部對於直腸潰瘍存在較好治療效果，同時建議患者用益生菌或中成藥幫助潰瘍癒合。直腸潰瘍患者原則上建議定期複查腸鏡，進行活檢病理學檢查。