多數川崎病不會影響患者一生，少數有併發症的患者需要觀察併發症的恢復情況。川崎病最終是否影響一生，取決於冠狀動脈是否受影響，少數患者表現為冠狀動脈出現瘤樣病變。如果為中型或者巨型擴張的患者，會影響到終身，95%以上沒有相應後遺症，患者隨診以後多數可完全康復。

影響患者一生只是冠狀動脈瘤樣的病變，會遺留血管增厚，彈性減弱。巨大的冠狀動脈瘤通常不易完全消失，可以在冠狀動脈內形成相應血栓，表現為管腔狹窄，影響患者終身。患兒主要表現為冠狀動脈血栓形成、冠狀動脈狹窄，主要表現為缺血性心臟病，與成年人心肌梗塞相似，需要外科手術搭橋以及介入治療，多數患者預後較好。