川崎病有一定比例的復發，且不完全川崎病的復發比例，高於完全性川崎病。川崎病復發後需再次應用丙種球蛋白，甚至可能應用激素、免疫抑制劑等特殊藥物。

復發的川崎病冠狀動脈病變的發生率，比不復發的川崎病冠狀動脈病變發生率明顯提升。在復發時，通常有一定危險因素，如嬰幼兒、男性、有家族史或兄弟姐妹有川崎病，則會有一定復發比率。但總體而言，川崎病的復發比率較低，即使是川崎病復發，家長也不需要驚慌、焦慮，醫生會有一定評估。主要關注炎症反應，復發後孩子的炎症反應較重時，可相應地給予治療。