川崎病炎症反應恢復期需1年，部分嚴重的冠狀動脈病變患兒，可能需2-3年甚至更久的時間恢復。臨床症狀的恢復時間需2-4周，炎性指標變化的恢復時間在6-8周，根據川崎病病情輕重不同，孩子恢復時間也因人而異。部分孩子臨床表現隨著體溫消退，可能出現結膜充血消退，口唇皸裂逐漸恢復，手指硬腫逐漸恢復，皮疹消失，並逐漸出現某種脫皮。

炎症指標如C反應蛋白或血沉等，隨著體溫恢復，炎症指標也逐漸下降，甚至正常。血小板變化在6-8周逐漸恢復正常，少部分孩子血沉可能恢復較慢，需6-8周甚至更長時間。冠狀動脈病變的孩子，炎症反應期最多見在1年之內，部分需2-3年，甚至更久時間進行恢復。