不典型川崎病是相對於典型的川崎病而言，即沒有典型川崎病所有的表現，常見症狀如下：

1、典型川崎病有持續性發熱，或使用抗生素超過5天無效，而不典型川崎病可能發熱時間較短，甚至出現不明顯的發熱；

2、典型川崎病通常存在結膜充血，但沒有分泌物，而不典型川崎病則沒有上述表現；

3、典型川崎病部分可出現黏膜反應，即口周乾裂、紅腫、楊梅舌等皮膚黏膜反應，而不典型川崎病則沒有此類反應；

4、典型川崎病會有手部、腳部紅腫以及脫膜，或者手掌出現紅斑，而不典型川崎病通常不存在此類問題；

5、典型川崎病可能會有冠狀動脈擴張，而不典型川崎病則可能不存在。