一般的川崎病對於智力發育沒有影響。川崎病主要影響心臟冠狀動脈，可引起冠狀動脈病變，如合併冠狀動脈瘤、冠狀動脈擴張、缺血性心臟病，甚至心力衰竭等。川崎病屬於兒童獲得性心臟病的較主要病因之一，部分川崎病患者血管炎症狀較嚴重，如合併顱內血管炎、心律失常、心力衰竭，甚至形成心腔內血栓等，血栓脫落易導致急性腦梗。

輕微症狀如神經系統受累、煩躁、嗜睡，甚至抽搐等無菌性腦膜炎表現，隨著川崎病血管炎得道有效控制後，大部分中樞神經系統不會遺留嚴重後遺症，對智商無明顯影響。若表現為顱內出血或合併腦梗，可能會遺留肢體或智力方面損失，對智商造成影響。