川崎病能否根治，取決於川崎病有無合併嚴重心血管併發症，大部分患兒預後良好，不會遺留嚴重併發症。但極少部分患兒，早期炎症反應劇烈，合併嚴重冠狀動脈病變，可能遺留嚴重心血管後遺症，需要密切隨訪、追蹤和觀察。

川崎病合併冠狀動脈病病變，已經成為兒童獲得性心臟病最主要的原因，所以合併嚴重的冠狀動脈病變，可能需要短時間或長期服藥，進行根治。如果早期病情比較輕，沒有嚴重的心血管併發症，經過三個月的系統化治療，患兒可以達到臨床治癒，不需要服藥，但是建議進行心血管內科門診的專業隨診和觀察。

如果孩子合併嚴重的心血管併發症，比如冠狀動脈瘤樣擴張或合併心肌缺血，甚至出現缺血性心臟病、心力衰竭，可能要在專業心血管內科醫生的指導下進行長期隨訪、觀察，定期來門診進行復診，同時可能要規律服用抗血小板、營養心肌、對症支持藥物治療。