灌腸也是常用的治療的手段，針對不同的疾病，都可以採用灌腸的方法。便秘的病人可以採用溫鹽水的灌腸；直腸炎，如潰瘍性直腸炎都可以採用灌腸的方法。灌腸常用特定的灌腸管從肛門插進直腸。在操作之前，建議肛門口適當使用潤滑藥物，比如藥膏或潤滑液，起到潤滑作用。之後把灌腸管緩慢輕柔地插入到直腸裡，避免患者出現明顯不適或疼痛，或引起肛門的外傷等情況。插進去之後，一般建議插進20cm左右進行灌腸，需要保留的藥物可以緩慢的灌注到直腸後，使患者進行特定的體位，以便於藥物保留。然後如果是針對便秘患者，灌腸之後，能使病人儘快把大便排出。