如果川崎病沒有全身多臟器或器官受累，可以完全治癒，不遺留後遺症。但是如果川崎病早期血管炎比較嚴重，合併冠狀動脈受累，比如出現冠狀動脈擴張，甚至嚴重冠狀動脈瘤、冠狀動脈血栓形成，可能合併嚴重冠狀動脈後遺症，需於心血管內科進行定期隨訪和觀察。

目前經過研究，冠狀動脈即使回縮正常，但血管壁功能會有所下降，可能遺留相關心血管後遺症，不能劇烈活動，需定期進行隨訪。孩子長大之後，可能發生冠狀動脈粥樣硬化或高膽固醇血癥、心肌缺血概率較高。早期建議家長進行定期隨診，觀察心電圖、冠狀動脈超聲有無遠期心血管併發症。