非典型川崎病如果合併嚴重併發症，屬於比較嚴重。非典型川崎病如果合併川崎病休克綜合徵，或後期出現嚴重冠狀動脈病變，比如冠狀動脈瘤或冠狀動脈血栓形成、心肌梗死、心力衰竭。部分非典型川崎病的患兒炎症反應比較劇烈，出現巨噬細胞活化綜合徵、川崎病休克綜合徵等嚴重併發症，則不典型川崎病比較嚴重。

臨床中需要早期進行識別和鑑別，及早診斷，給予川崎病正規治療，儘量減少嚴重併發症出現，同時降低心血管合併症。早期進行正確、及時、有效治療，可以改善非典型川崎病患兒預後、提高生活質量。