川崎病到目前為止，預後比較好，多數都能夠完全治癒，疾病在於早期診斷、早期治療。因為如果不進行早期診斷，很容易合併冠狀動脈病變。

如果出現冠狀動脈瘤，甚至血栓到了後期出現狹窄，情況比較嚴重，到後期可能出現嚴重的巨大冠狀動脈瘤，甚至合併血栓，這部分孩子預後比較棘手，除了要長期口服阿司匹林、華法令，甚至有些需要心臟外科的介入治療。

但是其它部分的孩子如果冠狀動脈沒有出現早期的擴張，或者後期沒有再出現冠狀動脈病變，孩子預後都非常好，沒有需要限制活動，需要長期服藥，一般吃藥2個月左右基本上能夠進行停藥。

其他中等大小的冠狀動脈瘤孩子，多數預後也是好的。不過這部分冠狀動脈瘤的孩子，一般都會建議隨診，一般隨診到冠狀動脈病變完全消失為止。

出現巨大冠狀動脈瘤的孩子，要長期甚至終身隨診，這部分孩子相對比較棘手，所以大部分川崎病的孩子都是能夠治癒。