大多數川崎病是屬於自限性疾病，也就是說經過病程，通過治療是不會留下明顯的後遺症。有一些如果累及心臟，冠脈有明顯擴張或者形成冠脈瘤，就可能引起一些後遺症，主要是對於心臟方面的後遺症。冠脈擴張或者形成冠脈瘤，等成年以後有可能會通過比如感染或者劇烈運動，冠脈瘤就可能會出現破裂，破裂出血可能會導致心源性猝死或者心源性休克，這就是比較嚴重的後果。所以為了預防冠脈瘤的出現，在早期一旦確診川崎病就一定要規範足量用藥，並且在醫生指導下進行定期生化結果和心臟彩超複查。其它在疾病後期可能會出現比如手腳脫皮或者肛周脫屑，這個改變很輕微，基本上多注意觀察，可以慢慢消失，也不會有比較嚴重的後果。